故事發生在被選召的數碼孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的寶貝一天，東京港區海面上的大冒第章波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的再會鬧鐘，踢開混亂的數碼被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。寶貝拉開瞭窗簾，大冒第章光線照到桌上一幅「那一天」的再會集體照上。隨後他在「一路順風，數碼哥哥」的寶貝送別聲下，騎上腳踏車出門，大冒第章奔向那片初夏的再會青空……現在，數碼冒險再度進化……