故事描述一個叫屁祖隱的蠟筆女人帶著5歲的少年來到野原廣志和美冴的傢裡，告訴他們自己是小新廣志和美冴的5歲兒子新之助的親生母親。二人留宿的好別當晚，野原傢遭到神秘忍者集團的影分襲擊。新之助被綁架瞭。蠟筆屁祖隱傢是小新忍者的故鄉，世代守護著地球的好別能量“寧特魯”的傢族。於是影分，地球的蠟筆存亡就交給瞭新之助的忍法。小新