為瞭成為合格的寵物神奇寶貝訓練師，小智（松本梨香 配音）、小精天桐（宮野真 配音）、靈維艾莉絲（悠木碧 配音）帶著各自的庫蒂小夥伴繼續修業之旅。這次他們來到瞭美麗的尼與山中小鎮艾茵多奧克參加神奇寶貝的比賽，並在此遇到瞭傳說中擁有神奇力量的英雄神奇寶貝比克提尼（水樹奈奈 配音）。　　早在一千多年前，寵物艾茵多奧克所在的小精土地上有一個美麗富饒的大地之鄉，可是靈維兩個王子分別帶著黑龍傑克羅姆（高橋英樹 配音）和白龍雷西拉姆（谷原章介 配音）發生爭鬥，令國傢崩潰在即。庫蒂老國王借助比克提尼的尼與力量暫時穩定住瞭龍脈，而大地之鄉則從此凋零。英雄作為大地之鄉的寵物後裔，德雷多（つるの剛士 配音）找到瞭被封印的小精傑克羅姆，於是靈維決定重建失落已久的故土……