宿命的宮本武藏相逢之後，佐佐木小次郎（鶴田浩二 飾）苦練技藝，宮本武藏一心打敗宮本武藏（三船敏郎 飾）。宮本武藏這之後，宮本武藏小次郎來至江戶謀求官職，宮本武藏期間與同在江戶的宮本武藏武藏邂逅，兩人約定東門決鬥。宮本武藏然決鬥前夜，宮本武藏武藏致信請求將決鬥延期一年。宮本武藏次日武藏和城太郎（櫻井將紀 飾）、宮本武藏熊五郎（田中春男 飾）旅行來至鄉下，宮本武藏師徒三人一面鋤地耕作，宮本武藏一面教習農民武藝，宮本武藏抵抗土匪。宮本武藏　　這期間阿通（八千草薰 飾）和朱實（岡田茉莉子 飾）先後來此尋找武藏，宮本武藏朱實更在匪亂中不幸喪命。一年後，小次郎成為細川傢臣，巖流島將成為他和武藏的命運轉折點……