鈴木園子的名偵叔叔次郎吉不甘心失敗，決定再次向怪盜基德發出挑戰。探柯這位壞脾氣的南天大叔斥巨資制造瞭巨型的飛船貝爾·雪利二世號，並以鑲嵌有名貴寶石“天空的遇難貴婦人”的戒指作賭註，邀請基德前來挑戰，名偵看他能否在東京到大阪的探柯這6小時時間內完成這項困難的任務。柯南、南天小蘭等人理所當然也接到邀請，遇難甚至電視臺的名偵人也興師動眾前來。隨著時間的探柯流逝，雙方的南天對決悄悄展開。另一方面，遇難恐怖組織紅色暹羅貓也登上瞭飛船。名偵此前不久，探柯紅色暹羅貓襲擊瞭國立東京微生物研究所，南天並盜走一種致命的病毒。　　本片根據青山剛昌的同名漫畫改編，是該動畫的第14部劇場版。