東京、名偵大阪、探柯京都相繼發生殺人事件，南迷5名死者皆是字路被頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害。警方介入調查，名偵發現死者都是探柯出沒於3地專門偷竊有名的佛像及美術品的偷盜集團“源氏螢”成員。該集團共有成員8名，南迷以義經的字路傢臣名字互相稱呼，且都持有一本《義經記》，名偵被害5人手中的探柯《義經記》均被拿走。　　這日京都古寺山能寺收到奇怪書信，南迷說若能解開信中所附的字路畫謎，便能找到8年前被竊的名偵如來佛像。柯南、探柯小蘭隨毛利小五郎來到該寺，南迷均對畫謎一籌莫展。5名被殺者之一曾對與新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也來到京都對案件秘密展開調查，並借機找尋自己的初戀情人。柯南與服部相遇聯手調查時，發現有人想置服部於死地，緊接“源氏螢”另一成員被害，而這一切，似乎又都與畫謎有關。