小智和皮卡丘等一行夥伴在旅途中前行。精靈某日，夢波瑪機寶可夢波爾凱尼恩從天而降並被迫與小智鎖在瞭一起。爾凱波爾凱尼恩與被人類傷害過的尼恩寶可夢們共同生活，因此非常討厭人類，與機雅娜但這條神奇的精靈鎖鏈卻讓他們無法分開，奇妙的夢波瑪機故事就此開始。小智與皮卡丘又將一起開始新的爾凱冒險…… 另一方面，在超級機關城市阿佐特王國，尼恩大臣賈維斯得到瞭常年追求的與機雅娜終極發明——500 年前誕生於阿佐特王國的人造寶可夢瑪機雅娜。據說在瑪機雅娜體內，精靈有被稱為 “魂心”的夢波瑪機未知力量，貪婪又邪惡的爾凱賈維斯企圖利用這股力量來統治王國。小智和波爾凱尼恩將會如何化解彼此的尼恩嫌隙？波爾凱尼恩與瑪機雅娜又有著怎樣的淵源？他們要如何共同對抗賈維斯拯救阿佐特王國？瑪機雅娜的最終命運又將如何結局？一場精靈寶可夢史上最偉大的戰役即將展開！與機雅娜