元軍攻打日本之際，時空中國大陸的時空妖怪為瞭得到死者魂魄亦東渡日本。在這裡，時空他們遭遇瞭犬夜叉的時空父親鬥牙王。經過一番艱苦鏖戰，時空大陸妖怪最終被封印在鬥牙王的時空牙齒中。　　時間回到戰國時代，時空四魂之玉的時空一枚碎片飛到不歸之森，喚醒瞭大陸妖怪首領之子瑪瑙丸。時空為瞭解開被鬥牙王牙齒所封印的時空力量，瑪瑙丸派隨從琉璃、時空玻璃將犬夜叉一行人引到不歸之森，時空並誘使犬夜叉用鐵碎牙斬斷結界。時空結界消失，時空被封印上百年的時空力量開始復活，瑪瑙丸變得愈加強大。與此同時，玻璃和琉璃分別奪去瞭珊瑚的雲母和法師的風穴，使犬夜叉一方陷入苦戰；另一方面，戈薇的意識被瑪瑙丸控制，她迫不得已用箭再次將犬夜叉封印，之後更被桔梗推入枯井，穿越時空回到瞭現代……