市立見瀧原中學，劇場又迎來平靜祥和的版魔一天。就讀於二年級的法少女孩鹿目圓（悠木碧 配音）和朋友美樹沙耶加（喜多村英梨 配音）、志築仁美（新谷良子 配音）盡情討論戀愛的圓前話題，享受少女的篇起快樂青春。這時班上轉來瞭名叫曉美焰（齋藤千和 配音）的故事新生，這個帶著些許神秘氣質的劇場女孩讓小圓頗感疑惑。與沙耶加下學回傢路上，版魔小圓聽到呼救聲，法少聲音來自一隻渾身傷痕累累的圓前未知生物，而追殺它的篇起正是曉美焰。危急時刻，故事她們得到同為見瀧原中學學生的劇場魔法少女巴麻美（水橋香織 配音）的幫助，進而得知那隻名叫丘比的版魔生物有能夠幫助人變成魔法少女的能力。少女們無意間開啟瞭通往另一個世界的法少大門……　　本片為魔法少女的劇場版，分三部上映，由TV版12話重新編集而成。