一個名為“阿卡姆”的遺跡民間組織受到遠古文明留下的訊息啟發而成立。旨在保護及封印超古代文明的守護危險遺跡。加入“阿卡姆”的遺跡特殊工作人員，人們稱之為SPRIGGAN。守護其中實力No.1的遺跡特工是一位叫作禦神苗優（森久保祥太郎 配音）的十七歲少年。在土耳其的守護一次調查工作中，“阿卡姆”竟無意地發現瞭諾亞方舟。遺跡方舟隱藏著毀天滅地的守護神秘力量，於是遺跡很多組織都開始窺伺這個傳說中的遠古遺跡。美國派出瞭半機械改造人小隊與“阿卡姆”展開激烈的守護遺跡爭奪戰。而其中一個以神自稱的遺跡改造人少年竟想私自利用挪亞方舟引發第二次洪水滅世……禦神苗優是否能夠阻止這一瘋狂的計劃呢？世界將會走向滅亡嗎？