故事發生在第一部的黑衣人四年之後，此時特警K（湯姆•李•瓊斯 飾）已經退休，黑衣人成為一名普通的黑衣人郵局局長，而J（威爾•史密斯 飾）則繼續從事MIB的黑衣人工作。　　卡洛瑟星邪惡女王蛇蓮娜來到地球需找宇宙能量“薩塔之星”，黑衣人占領瞭MIB的黑衣人總部。而當年逃亡到地球的黑衣人薩塔公主蘿娜曾請求MIB把 “薩塔之星”藏在地球，全面負責這件事情的黑衣人K為瞭地球的安全，拒絕瞭她。黑衣人　　面對來勢洶洶的黑衣人蛇蓮娜，MIB派J去尋找k，黑衣人調查當年事件的黑衣人真相，怎樣說服失去記憶的黑衣人K相信外星人的存在，成瞭J面臨的黑衣人第一個難題……