地球並不隻是黑衣人人類的天下，其實有1500名外星人生活中我們當中，黑衣人而星際移民局則處理和外星人相關的黑衣人事情。　　紐約普通警察愛德華茲（威爾·史密斯 飾）因緣際會之下加入瞭這一組織，黑衣人成為MIB的黑衣人一員，代號J，黑衣人從此沒有名字、黑衣人沒有身份，黑衣人成為特警K（湯姆·李·瓊斯 飾）的黑衣人搭檔。　　J應對的黑衣人 第一起事件就是蟲族的入侵。亞基倫王子羅斯伯在地球被蟲族殺害，黑衣人而他隨身攜帶的黑衣人“銀河系”——宇宙次原子能源的最好來源也失蹤瞭，若蟲族找到，黑衣人將給亞基倫人帶來毀滅性的黑衣人打擊；亞基倫人發出最後通牒，如果地球人不能在一個小時之內交出“銀河系”，黑衣人他們就摧毀地球。　　為瞭地球的安全，K和J不得不挺身而出。