距聖誕節僅有8天時間，涼宮SOS團在涼宮春日的春日號召下，不出意料地策劃瞭一場聖誕狂歡派對。涼宮但就在12月18日這天早晨，春日阿虛卻發現周圍的涼宮世界有瞭些許變化。1年9班消失不見，春日朝比奈學姐視其形同路人，涼宮甚至早已死去的春日朝倉也代替涼宮春日坐在瞭阿虛的後面，而春日則如同人間蒸發一般無人知曉。涼宮當他沖向SOS團的春日教室時，隻看到瞭孤零零坐在角落裡看書的涼宮長門有希，一向淡定自若、春日冷如冰霜的涼宮長門大神也變成瞭怯懦害羞的乖乖女。從前一日長門留下的春日蛛絲馬跡中，阿虛判斷出這個世界似乎被某人重組瞭一番。涼宮　　此時的阿虛，握有連接兩個絕然不同世界的鑰匙，他面臨著重大的選擇……