突襲世界的福音大災難“第二次沖擊”後，世界在廢墟之上重建。戰士14歲的新劇序少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以為能見到父親迎接的場版他，卻見到名為“使徒”的福音巨大生物與軍隊交火。危急之下，戰士特務機關NERV的新劇序葛成美裡將真嗣救下，並將其帶往碇元渡所統領的場版NERV總部。但迎接真嗣的福音，卻是戰士是父親冷酷地命令：駕駛稱為“EVA”的巨大人型機器人與使徒戰鬥。　　本已表示拒絕的新劇序真嗣，看到重傷的場版替補駕駛員綾波麗後，決定遵從父親的福音命令。就這樣，戰士從未受過作戰訓練的新劇序真嗣，準備駕駛EVA初號機迎戰使徒。　　世界的命運托付在瞭一位年僅14歲的少年身上，而“第二次沖擊”所隱藏的“人類補完計劃”似乎也開始瞭行動。掌握一切答案的碇元渡，卻隻是不動生色地觀察，仿佛一切早已寫入劇本。