1991年，無間道香港黑幫龍頭倪坤被殺，無間道倪氏傢族旗下五大頭目中除韓琛（曾志偉）外，無間道均伺機背叛發難，無間道不料卻被倪傢不起眼的無間道第二代倪永孝（吳鎮宇）不費一兵一卒牽制，此舉引來重案祖督察黃志誠（黃秋生）的無間道戒心，使其派出警校學生陳永仁（餘文樂）滲入倪傢進行長期的無間道臥底工作，而韓琛為瞭鞏固勢力，無間道早在警察內部安插瞭線人劉建明（陳冠希）。無間道三年後，無間道事業蒸蒸日上的無間道倪永孝為安枕無憂，決意將五大頭目一舉殲滅，無間道卻因疏忽讓韓琛成為漏網之魚。無間道　　1997年，無間道大難不死的無間道韓琛重出江湖，為替死去的同事報仇，黃志誠找到他商議合作除掉倪永孝的事宜，不久卻發現此舉鑄成大錯，而各自為自己的尷尬身份苦惱的陳永仁和劉建明，則在無間道的路上越行越遠。