地球物理學傢田所雄介博士（小林桂樹 飾）帶領自己的日本沉沒團隊前往深海科考，卻發現海底出現異常龜裂與亂泥流，日本沉沒在一系列調查之後，日本沉沒他得出來日本列島在一年後即將沉沒的日本沉沒結論。可是日本沉沒日本政府的官員們卻認為田所博士的預測隻不值得相信的謊言。隻有山本首相（石坂浩二 飾）認識到事態的日本沉沒嚴重性，並且委任田所的日本沉沒前妻鷹森沙織（大地真央 飾）為危機管理大臣，帶領田所博士和他們的日本沉沒團隊設法拯救日本。很快，日本沉沒從北海道開始，日本沉沒日本諸島先生發生大規模的日本沉沒地質災害，整個日本陷入一片恐慌。日本沉沒政府對於災害束手無措，日本沉沒僅有的日本沉沒海外移居政策完全不能應對急劇惡化的態勢，日本諸島完全沉沒的日本沉沒現實即將上演。最終，田中博士和自己的科考隊員們終於找到一個可以挽救日本的方法，但這個方法的實際操作卻困難重重……　　此片改編自日本科幻小說傢小松左京的同名暢銷小說，該片斥資20億日元，是近年來日本影壇投資最大、宣傳最大的災難片。