草薙素子之後，攻殼巴特與偵探出身的機動陀古薩結為搭檔。近期發生多起機器人偶殺害主人繼而自殺的隊無事件，由於受害者傢屬均無公訴，攻殼且死者中有政客與公安官員，機動於是隊無公安9課派出巴特小組調查此案。殺人人偶皆為荒涼地帶公司出品的攻殼哈德莉機型，應部分顧客要求，機動該機型同時具備異性玩伴的隊無功能，巴特從荒涼地帶公司出貨官遇害入手，攻殼卷入與黑幫的機動戰鬥，期間有人入侵他的隊無大腦，使其自殘。攻殼　　巴特決定直奔荒涼地帶總部，機動他與陀古薩拜訪瞭擇捉島上的隊無黑客基姆，後者佈下系統陷阱，幸有素子提出警告避免陀古薩陷入控制。依靠基姆這條線索，巴特登上瞭荒涼地帶公司設立在海上的工廠船，素子再次降臨他的身邊，與其並肩作戰。