在晴朗明媚的喜羊喜氣一天，羊村正舉行防禦系統揭幕儀式，羊與羊羊這是灰太慢羊羊村長的最新發明，該系統可以抵制上千伏的過蛇電壓。誰知這時灰太狼突然出現攪局，喜羊喜氣不久前他發明瞭羊味罐頭，羊與羊羊由此成為當今最炙手可熱的灰太科學傢，可是過蛇沒能抓到小羊依然是他心中隱隱的傷痛。灰太狼操縱天氣控制器與羊羊特工隊展開殊死搏鬥。喜羊喜氣受傷的羊與羊羊喜羊羊偶然結識瞭熊貓旺財，而對方的灰太真實身份是滅絕瞭許久的蛇。受挫的過蛇灰太狼專心升級天氣控制器，卻忽略瞭老婆和灰灰的喜羊喜氣感受，而他的羊與羊羊失誤也導致天氣控制器失控。危難時刻，灰太青青草原的各位意外發現久遠以前蛇族發明的諾亞神舟。可是為瞭啟動神舟，必須得到蛇族的幫助。為此，羊羊特工隊和機械喜羊羊踏上兇險莫測的冒險旅程……　　本片為《喜羊羊與灰太狼》系列第五部劇場版動畫。