千年一次的精靈彗星之夜裡，願望將會實現……　　立志成為出色的夢夜神奇寶貝訓練師的小智、小遙和小勝，願星帶著皮卡丘展開瞭新的精靈旅程。為瞭觀看千年彗星出現的夢夜剎那，來到恩斯遊樂場，願星並認識魔術師巴特勒與戴安。精靈在魔術表演中，夢夜小勝聽到一陣細微的願星呼喚聲…　　那是在〝沉眠之繭〞中沉睡瞭千年，可幫助人類達成願望的精靈神奇寶貝——基拉祈。在千年彗星出現的夢夜夜晚，如果遇到擁有純真心靈的願星夥伴便會蘇醒。為瞭讓基拉祈醒來，精靈巴特勒請小勝當基拉祈的夢夜夥伴，果然，願星基拉祈從萬花鏡般的光芒中蘇醒過來。　　雖然基拉祈隻能停留短暫的七日就會再消失，但是頭一次擁有屬於自己的神奇寶貝的小勝，對基拉祈卻非常寵愛。充滿野心的魔術師巴特勒，因為知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈給搶走，並且想利用他來完成願望。　　不懷好意的巴特勒，他的願望是什麼呢？小智與小勝要如何克服困難，成功救出同伴呢？小勝與基拉祈又會面臨怎樣的生離死別呢？